Østrogen påvirker immunsystemet og hæmmer normalt inflammatoriske processer i kroppen. Når østrogenniveauet falder under overgangsalderen, kan immunsystemet blive mere aktivt. Andre fysiske ændringer kan også bidrage til dette.
Disse hormonelle ændringer kan gøre en skjult autoimmun sygdom synlig eller forværre en eksisterende sygdom. Ved autoimmune sygdomme angriber immunsystemet dele af kroppens eget væv. Velfungerende celler kan for eksempel blive nedbrudt, selvom de understøtter organernes funktion. Ved andre sygdomme kan der opstå inflammation under nedbrydningen af overflødige celler. Et fald i østrogen kan føre til øget aktivitet i immunsystemet. Hvis du har en skjult eller eksisterende autoimmun sygdom, kan den pludselig (eller mere voldsomt) vise sig.
Nogle kvinder opdager under overgangsalderen, at de har en autoimmun sygdom som reumatoid artritis, lupus eller Hashimoto. Symptomerne kan også forværres, hvilket kan være mentalt belastende.